สำนักงานวิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนครเป็นหน่วยงานที่ได้จัดตั้งขึ้น เมื่อวันที่ 8 มิถุนายน พ.ศ. 2543 ตามประกาศสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่อง จัดตั้งคณะ สำนัก และสำนักงานวิทยาเขต ที่จังหวัดสกลนคร ลงวันที่ 23 พฤษภาคม พ.ศ. 2543 โดยเดิมชื่อสำนักงานโครงการจัดตั้งวิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนคร ซึ่งเป็นหน่วยงานระดับคณะ สำนัก โดยมีวัตถุประสงค์ในการจัดตั้ง 5 ประการ คือ
- เพื่อให้เป็นหน่วยงานรองรับการเตรียมการจัดตั้งวิทยาเขตต่อไปในอนาคต
- เพื่อบริหารงานทั่วไปของวิทยาเขต เช่น งานธุรการทั่วไป งานคลัง (การเงิน บัญชี พัสดุ) งานสารบรรณวิทยาเขต งานบุคคล งานนโยบายและแผน งานกิจการนิสิต งานทรัพย์สินและสิทธิประโยชน์ งานประชาสัมพันธ์ งานซ่อมบำรุงอาคารสถานที่และยานพาหนะ
- สนับสนุนและส่งเสริมการดำเนินงานด้านวิชาการ การเรียนการสอนของคณะ สำนัก สถาบันต่าง ๆ ภายในวิทยาเขต เพื่อให้การดำเนินงานเป็นไปด้วยความเรียบร้อย
- ประสานงานกับหน่วยงานภายนอกวิทยาเขตในเรื่องการบริการวิชาการ งานวิจัย การจัดอบรมสัมมนา
- เพื่อเก็บรักษาข้อมูลด้านการบริหารทุกด้านของวิทยาเขต
สำนักงานวิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนคร ทำหน้าที่ประสานงานกลางในการดำเนินงานด้านการบริหารงานทั่วไปของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนคร ภายใต้รูปแบบการบริหารงานแบบ “รวมบริการ ประสานภารกิจ” จึงกำหนดให้ วันที่ 8 มิถุนายน พ.ศ. 2543เป็นวันก่อตั้งสำนักงานวิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนครโดยมีการแบ่งส่วนราชการออกเป็น 3 ฝ่าย คือ ฝ่ายบริหาร ฝ่ายกิจการนิสิต และฝ่ายอาคารสถานที่และยานพาหนะ
ต่อมาในปี 2557 สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ มีมติให้ดำเนินการปรับโครงสร้างหน่วยงาน และกำหนดให้สำนักงานวิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนครตามประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ลงวันที่ 10 ตุลาคม 2557 กำหนดให้มีการจัดตั้งหน่วยงานระดับกอง ตั้งแต่วันที่ 3 พฤศจิกายน 2557 ประกอบด้วย
- กองบริหารทั่วไป
- กองบริหารวิชาการและกิจการนิสิต
- กองบริหารการวิขัยและบริการวิชาการ
- กองบริการกลาง