สำนักงานวิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนคร ทำหน้าที่ประสานงานกลางในการดำเนินงานด้านการบริหารงานทั่วไปของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนคร ภายใต้รูปแบบการบริหารงานแบบ “รวมบริการ ประสานภารกิจ” จึงกำหนดให้ วันที่ 8 มิถุนายน พ.ศ. 2543 เป็นวันก่อตั้งสำนักงานวิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนครโดยมีการแบ่งส่วนราชการออกเป็น 3 ฝ่าย คือ
ฝ่ายบริหาร ฝ่ายกิจการนิสิต และฝ่ายอาคารสถานที่และยานพาหนะ
ในปี พ.ศ. 2557 มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์มีนโยบายกำหนดโครงสร้างการบริหารวิทยาเขตให้มีรูปแบบโครงสร้างบริหารที่เป็นแนวทางเดียวกันสอดคล้องกับภารกิจของวิทยาเขต และเพื่อรองรับการเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ตามประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ลงวันที่ 10 ตุลาคม 2557 ดังนั้น จึงได้มีการรวมส่วนงาน 3 หน่วยงาน ได้แก่ 1. สำนักงานวิทยาเขต 2. สำนักวิทยบริการ 3. สถาบันวิจัยและพัฒนา เป็นสำนักงานวิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนคร โดยมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันจันทร์ที่ 3 พฤศจิกายน 2557 และได้ปรับโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการภายใน ประกอบด้วย
1. กองบริหารทั่วไป
2. กองบริหารวิชาการและนิสิต
3. กองบริหารการวิจัยและบริการวิชาการ
4. กองบริการกลาง